Principalele rauri sunt: Sebes, Strei (cu Raul Mare), afluenti ai Muresului; Bistra si Riu Rece (afluenti ai Timisului), Cerna, Jiu (cu afluentii sai din zona montana); Cibin (cu Sadu), Lotru, Topolog, Oltet (afluenti ai Oltului), Argesul cu afluentii sai ce au izvoare in zona montana (Vilsan, Riul Doamnei, Riul Targului, Dambovita), Ialomita cu Prahova.
Carpatii Meridionali au numeroase lacuri glaciare (peste 150) si lacuri hidroergice (Vidra, Vidraru, Gura Apei si alte amenajari mai mici).
