La Crăciunul anului 1499 este încredințată lui da Gama de curtea regală portugheză, conducerea orașului Sines. Începând o perioadă de conflicte între rege și da Gama pe o parte și Superiorul Ordinului Cavalerilor de Santiago, autoritățile locale constituite din nobili (familia Noronha) pe de altă parte. Da Gama fiind învins în acest conflict trebuie să părăsească orașul (1507) împreună cu familia sa, având dreptul să calce în acest ținut numai cu aprobarea Superiorului Ordinului. Cu ajutorul regelui intră în rândurile Ordinului Cristi. În 1502 este denumit de rege ca "Amiral al Mărilor Indiei" (Almirante do Mar das Índias) aceasta fiind o replica portugheză la numirea lui Cristofor Columb ca "Amiral al mărilor și oceanelor" de curtea regală spaniolă.
In 1499 in timpul Craciunului lui Da Gama i se incredinţeaza curtea Sines,insa din cauza conflictelor cu familia Noronha in 1507,este nevoit sa paraseasca orasul.Catre 1502 primeste ca si Columb titlul de,,Almirante do Mar das Índias".
