Cauze religioase
Reforma a fost inițiată într-o societate marcată de înrădăcinarea renașterii și a capitalismului, punându-se mai mult accent pe om ca individ, și mai puțin ca membru al unei colectivități. Religia trebuia să fie interiorizată, să fie adresată omului ca individualitate și nu ca membru al unei colectivități bisericești. Se preconizează ideea eliberării individului, creând premisele unui contact cu divinitatea fără medierea bisericii. Funcțiile bisericești erau cumpărate, prelații acumulau mai multe funcții bisericești pe care nu le îndeplineau, dar din care obțineau beneficii materiale.
Mulți membri ai înaltei ierarhii bisericești preferau să rezideze la Roma, fiind centrul de putere și de influență al curiei papale, sau la curțile principilor, uitând de asistență și îndrumarea enoriașilor. În ciuda reformei gregoriene, clerul continuă să fie imoral și ignorant, iar papii și cardinalii erau corupți. Papii din timpul Renașterii erau susținători ai culturii, astfel, au recurs la fiscalitate excesivă și la indulgențe pentru a finanța artiști, generând urmări negative asupra bisericii, ca opoziție și contestări. Biserica era criticată și pentru bogăția excesivă și pentru luxul personal al prelaților.
Biserica susținea bipolaritatea culturală și sexuală pentru a motiva superioritatea clerului. Vârsta de căsătorie a fost ridicată la 30 de ani, obligând membrii societății să trăiască în celibat, astfel, clericii nu mai puteau argumenta că aveau o «viață neprihănită» justificând privilegiile față de laici. Mulți preoți trăiau în concubinaj, iar călugării erau imorali. Mulți indivizi din rândurile clasei de mijloc din orașe, ce erau centre meșteșugărești și comerciale, au fost instruiți și educați să obțină capacitatea de a scrie și citi.
Sunt descoperite elemente care zdruncină poziția bisericii oficiale. Versiunea tradusă greșit, Vulgata, a fost considerată oficială, fiind baza constituirii unor dogme ale bisericii catolice.
Cauze economice
Economia și societatea au avut un rol prioritar în transformarea bisericii, care reprezenta un obstacol în calea schimbărilor comise de capitalismul abia apărut. Bogăția bisericii a suscitat dorințe de secularizare ale averilor bisericești de către aristocrație.
Cauze politice
Reforma a avut succes și de pe urma incompatibilității dintre statul modern, care evolua spre o direcție națională, și universalismul bisericii catolice, ce se prezenta ca un organism supranațional. Privilegiile și imunitățile bisericii nu mai puteau fi tolerate. Se dorea transformarea bisericii într-un instrument pe care să-l folosească în interesul propriu, deschizând calea spre secularizare și laicizare, odată cu Concordatul de la Bologna din 1516 încheiat de regele Franței, Francisc I, și papa, regii nemaifiind interesați să sprijine reforma. Spre deosebire de Anglia, nici un alt stat absolutist nu a fost câștigat pe deplin de ideile reformei.