Lipsa organismelor regnului Fungi de pe Terra ar îngreuna întregul proces de circuit al materiei în natură, datorită faptului că acesta este principalul lor rol - de a asigura ciclul materiei.
Unele specii pot fi utilizate ca sursă de hrană (ex. sbârciogul - Morchella aesculenta, hribii - Boletus edulis), iar altele ajută în procesul de fermantație: drojdia de bere (Saccharomyces cerevisiae) sau drojdia vinului (Saccharomyces ellipsoideus).
Un alt rol important pentru om este faptul că produc substanțe prelucrate de om - penicilina (antibiotice), obținută din mucegaiul verde-albăstrui (Pennicillium notatum).
Pe cealaltă parte, speciile parazite de ciuperci pot afecta organismele vegetale și animale, producând micoze: ex. Candida, rugina grâului, tricofiția (la om).