Pinguinul face parte din familia Spheniscidae formata din sase genuri si 17 specii.
In ciuda evidentelor anatomice, comportamentale, gnenetice, evolutia pinguinilor ramane neelucidata. Se considera ca pinguinii au o legatura cu pelicanul si alte pasari. Cel putin 18 specii de pinguin sunt reprezentate de fosilele din emisfera sudica ce dateaza din timpul erei Eocen (55.8-33.9 milioane de ani in urma).
