Bacteriile patogene sunt acele bacterii care produc diferite boli la oameni la animale sau la plante.
Exemple: Mycobacterium tuberculosis care provoacă tuberculoza, Clostridium tetani generează tetanosul,Corynebacterium diphtheriae produce difteria, Treponema pallidum care este agentul cauzator al sifilisului,Mycobacterium leprae și Mycobacterium lepromatosis cauzează lepra.